Prova a disinstallare i programmi non essenziali o rimpiazzabili: CCleaner e WinRar; quest'ultimo in particolare lo puoi rimpiazzare con 7zip:
http://www.7-zip.org/download.html
Scarica la versione 16.04 per Windows a 64 bit (è il secondo .exe dell'elenco), è la versione che uso io e funziona benissimo. Potresti anche provare con qualche altro browser al posto di Firefox.
Come detto, il 99,999% degli utenti che usano questi programmi non ha problemi sulle porte usb 3.0: possono capitare problemi con i programmi stessi, ma non ho mai sentito di effetti collaterali che possano interessare le porte usb... Davvero non ci sono utility di ottimizzazione, nel sistema? Qualcosa che possa toccare le impostazioni dell'hardware, per esempio Advanced System Care, o programmi simili?