è probabile che ci sia qualche schifezza installata che si avvia in automatico e stressa molto il disco.
piuttosto che fare un ripristino (che magari non sai neanche con precisione a che data tornare indietro, e magari non risolve comunque il problema) proverei a reinstallare da zero windows 10 anniversary update.
comunque appena si avvia è normale (su windows) che per un po il disco sia al 100%, ci sono svariati servizi che si avviano che saturano l'hdd per un po di tempo.
questo si verifica anche a me su un hdd da 5400rpm e con windows 10 AU appena installato, ma dopo 1 minutino il disco torna ad essere libero, e comunque sia la velocità di avvio non è così lenta come dici tu, quindi credo che tu non abbia solo questo problema, ma magari c'è anche altra spazzatura che appesantisce tutto.
kaspersky comunque non è certo un antivirus leggero, quindi anche lui potrebbe in qualche modo influire negativamente sulla velocità del sistema (io con windows 10 tengo direttamente quello preinstallato della microsoft, che almeno non da problemi e non rallenta il sistema).
PS: ma veramente il sistema ci mette più di 1 ora a caricare tutto quanto? perchè se così fosse allora direi che hai un problema anche piuttosto grave