Una volta ripulito il PC, è possibile anche creare una lista di eccezioni (whitelist) per dire a Spybot che certi file sono sicuri e che non vanno elencati tra le minacce, in futuro. Tale lista può rendere più veloci le scansioni, ma rischia anche di creare un "punto cieco" se c'è già un'infezione in corso. Gli sviluppatori di Spybot consigliano di usare la whitelist solo su sistemi freschi d'installazione e non ancora collegati a Internet, e hanno fatto sì che scompaia dal menù principale per sistemi operativi che hanno più di 30 giorni.
Gli utenti particolarmente fiduciosi possono comunque crearne una manualmente eseguendo il file "SDPrepPos.exe", che si trova nella cartella d'installazione di Spybot.