Una volta aggiornate le definizioni la prima cosa che vorrete fare è una scansione completa del sistema alla ricerca di malware. Spybot 2 suggerisce di cancellare i file temporanei prima di cominciare, per rendere tutto più veloce. In generale è una buona idea, ma la procedura comunque dura un po' – c'è tutto il tempo di prendersi la classica pausa caffè. A cosa fatte Spybot mostra una lista delle possibili minacce, con alcune informazioni specifiche per ognuna di esse. Selezionate quelle che volete eliminare e lasciate al programma il resto del lavoro. Chi vuole una sicurezza extra può fare una seconda scansione.