Questo passaggio dipende dalla stampante, ma in ogni caso una buona calibrazione di tutte le parti mobili è necessaria per creare oggetti precisi. Alcune stampanti offrono dei sistemi di calibrazione guidati, altre regolano automaticamente l'altezza dell'estrusore (da cui esce il materiale di stampa). Per tutte le altre stampanti come le RepRap (modello open source di stampanti 3D) bisogna calibrare il piano di stampa al meglio in modo che tra quest'ultimo e l'estrusore passi un foglio di carta in qualsiasi punto del piano.
Un'altra cosa a cui bisogna stare molto attenti è la tensione delle varie cinghie, gli elementi che spostano la testina - l'estrusore - di stampa o il piatto, così da non perdere passi durante la realizzazione del modello. Uno dei primi modelli che solitamente si va a stampare è il cubo in figura, che ci permette di capire se abbiamo eseguito una buona calibrazione.