Problemi con FAT e Windows XP
A partire da Windows 95, la FAT 16 è stata affiancata da V-FAT, un sistema che permetteva di superare il limite di 8+3 caratteri per i nomi dei file. Con l'avvento di Windows 95b, nel 1996, Microsoft introduce nei suoi sistemi operativi il file system FAT 32, che è tuttora ampiamente utilizzato. Questo permette di gestire volumi fino a 8 Gb con dimensioni dei cluster di 4 Kb. Per partizioni fino a 32 Gb, la dimensione dei cluster sale a 16 Kb, oltre i 32 Gb si parla di 64 Kb. Inoltre viene eliminato il limite di file e directory imposto da FAT 16 ( circa 65,525 ) .
Nonostante i loro svantaggi, FAT 16 e FAT 32 non sono spariti. I volumi condivisi in rete da più sistemi operativi, per esempio, necessitano di questi file system come minimo comune denominatore tra i vari Windows XP, Windows 98, Linux o DOS.