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Alpha Protocol è un gioco di spionaggio con qualcosa in più, visto che ogni conversazione è collegata alla trama principale. Questo è uno dei motivi che lo rende divertente, anche se l'avete già finito non è la prima volta che ci giocate.
Sega ha affermato che non ci sono piani di sviluppare un sequel a causa di vendite sotto le aspettative e di recensioni altalenanti. Nonostante tutto il sistema di gioco è abbastanza solido. Quello che serve è uno sviluppatore in grado di aggiustare alcune delle debolezze più evidenti, come l'impossibilità di ripararsi dietro gli oggetti, un fattore che non contribuisce a innalzare il livello di divertimento.