Grazie alle rotte pianificate Juno resterà irrorata dalla luce del Sole per la maggior parte del tempo, quindi non ci si aspettano repentini cambi di temperatura ambientale, come quelli che devono affrontare i satelliti in orbita attorno alla Terra. Tuttavia Juno si è avventurata nello Spazio profondo, dove il riscaldamento dovuto alla radiazione solare è limitato.
Ecco perché la protezione esterna del veicolo isola i componenti interni ed è dotata di un sistema di riscaldamento e di feritoie progettati per mantenere l'elettronica del veicolo in un ambiente stabile e che soddisfi i loro requisiti.
Quando invece si trova nelle zone più vicine al Sole Juno deve proteggersi dal surriscaldamento. In questo caso basta puntare la High-Gain Antenna verso il Sole: da sola mette in ombra quasi tutto il corpo centrale di Juno e protegge l'elettronica. Gli strumenti scientifici che invece sono montati sulla parte esterna hanno requisiti termici e sistemi di isolamento adeguati.