Spitzer ha svolto finora oltre 106.000 ore di osservazione, e migliaia di scienziati in tutto il mondo hanno usato i suoi dati per i loro studi: questo telescopio spaziale è protagonista di oltre 8.000 articoli scientifici.
La missione primaria di Spitzer, dopo il primo prolungamento, è durata 5,5 anni, durante i quali ha operato in una "fase fredda". I suoi strumenti erano infatti raffreddati a una temperatura di poco superiore allo zero assoluto con l'elio liquido, che consentiva di scattare immagini alla migliore qualità possibile. Una soluzione che ha conferito a Spitzer un'alta sensibilità per oggetti "freddi".
Nel luglio 2009 la riserva di elio si è esaurita, e da allora gli scienziati hanno attivato la cosiddetta "fase calda" della missione. Una parte degli strumenti ha smesso di funzionare, ma quello principale, chiamato Infrared Array Camera (IRAC) è ancora attivo. Delle quattro telecamere usate in origine da IRAC, due continuano a funzionare nella fase calda con la stessa sensibilità che avevano durante la fase fredda. Da notare che "caldo" e "freddo" vanno circostanziati all'ambiente spaziale: gli strumenti di Spitzer nella fase calda infatti operano a meno di 30 K, -243 gradi centigradi.
Nel 2016 Spitzer è entrato in un'altra fase della missione estesa denominata "Spitzer Beyond", che dovrebbe proseguire fino a novembre 2019, quando si esauriranno i fondi attualmente stanziati a sostegno della sua attività. Successivamente non chiaro che cosa accadrà. Alcune fonti riferivano dell'intenzione della NASA di cederlo in prestito a un'istituzione accademica o a un operatore privato, ma al momento non ci sono annunci ufficiali al riguardo.
La sua attività dovrebbe essere rimpiazzata dal più nuovo telescopio spaziale James Webb costato 8,7 miliardi di dollari.