Fusion si avvia con una schermata poco rassicurante che imita il disturbo del vostro televisore quando è sintonizzato su una fonte che non trasmette nulla. Dal menù File potete selezionare quale console emulare e quale ROM scegliere dalla vostra libreria. Sempre tramite questo menù si può far partire un disco Sega CD o caricare un immagine disco. Un'altra funzione degna di nota è l'opzione "Save State", che consente di "fotografare" lo stato del sistema, in modo da poter riprendere la vostra partita da qualsiasi punto, anche da metà livello. Comodo, vero?