Una volta sistemato il BIOS potete dedicarvi alla gestione dei controlli. Cliccate su Options > Select Plugins e vi ritroverete nel menù di gestione dei plugin. La prima cosa che bisognerà impostare si trova nel menù "Maple", che gestisce gli input del controller e i salvataggi sulla memory card del joypad/VMU.
Il menù a tendina presenta diverse opzioni: noi consigliamo di selezionare "PuruPuru Dreamcast Controller", una configurazione che si adatta a una discreta varietà di controller generici USB e al joypad per Xbox 360. Da qui si può impostare anche il numero di porte virtuali dei joypad che si vogliono creare, configurare il layout dei pulsanti e creare le vostre memory card virtuali.