L'installazione di Filezilla è semplice, e ci si trova rapidamente di fronte all'interfaccia. Nella parte alta abbiamo classici menù e la barra degli strumenti per le azioni più comuni, lo spazio per gestire la connessione e inserire l'indirizzo del server con i dati di accesso, e un log delle attività. La finestra è divisa in due, con lo stile di Esplora Risorse di Windows, che permette di gestire i file locali e quelli remoti, e un altro pannello mostra i file accodati per il download e l'upload.