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Gemini App Manager ci aiuta a gestire le applicazioni, muoverle o disinstallarne molte in un colpo solo. Per chi ha accesso di root è infatti possibile selezionare un intero gruppo di applicazioni, per poi spostarle o eliminarle tutte insieme. L'applicazione serve inoltre per modificare le preferenze di avvio automatico (autorun), e decidere per ogni applicazione se deve partire dopo che il sistema ha finito il boot, quando s'installano nuovi pacchetti o quando cambia la connettività di rete.