Gemini App Manager aiuta a gestire le applicazioni ed è utile per spostarle dalla memory card alla memoria interna (o viceversa) e per disinstallarle. Sui dispositivi con i permessi di root si può selezionare un intero gruppo di applicazioni per eseguire queste operazioni senza doverle affettuare una a una per ogni software. Si può anche avviare Gemini App Manager in autorun per eseguire determinate operazioni per esempio dopo l'avvio o in seguito al compimento di un'operazione.