Miyamoto concepì Lost Levels come il vero sequel di Super Mario Bros ma, data la difficoltà molto elevata, il titolo rimase inizialmente un'esclusiva giapponese. Nel 1988 uscì negli Stati Uniti Super Mario Bros 2, creato modificando Yume KÅjÅ: Doki Doki Panic (altro platform del maestro Miyamoto) e inserendo i personaggi che abbiamo conosciuto nel predecessore.
In Super Mario Bros 2 - arrivato in terra asiatica quattro anni dopo con il titolo Super Mario USA - ci trovavamo a dover scegliere tra Mario, Luigi, Peach e Toad per salvare il regno di Subcon: il regno dei sogni messo sotto ostaggio dall'incantesimo di Wart. Un gioco diverso dal predecessore e quasi atipico se consideriamo quella che sarà la storia di questa serie, tanto che molti appassionati ancora oggi lo snobbano catalogandolo come un titolo di secondaria importanza.
In contemporanea in Giappone - siamo nel mese di ottobre 1988 - uscì quello che è considerato da molti il titolo definitivo della saga: Super Mario Bros 3. L'ultima apparizione di Mario su NES - come protagonista di un titolo della serie principale - era un capolavoro, uno di quei giochi che da soli definiscono un genere e una generazione... Proprio com'era successo nel 1985! Pubblico e critica furono sin da subito entusiasti, anche se qualcuno non esitò a criticare le modalità con cui Nintendo decise di promuovere il titolo negli Stati Uniti.
Nel 1989 uscì infatti nelle sale il film The Wizard (tradotto in italiano come "Il piccolo grande mago dei videogames") che mostrava al suo interno molto prodotti Nintendo e, in anteprima, alcune immagini del terzo capitolo della serie Super Mario Bros. L'aggiunta di diversi power-up e di un ritmo di gioco più veloce, uniti ad alcune caratteristiche prese direttamente dai capitoli precedenti, fanno di Super Mario Bros 3 un must per ogni videogiocatore che si rispetti.
Nel 1989 la famiglia Mario sbarcò anche come titolo di lancio su Game Boy, la console portatile Nintendo che avrebbe fatto faville in tutto il mondo. Super Mario Land era l'ennesimo classico tra i platform a scorrimento e segnò la comparsa per la prima volta della Principessa Daisy - ideata dall'indimenticato creatore di Metroid Gunpei Yokoi - rapita dall'alieno Tatanga. In questa avventura portatile Mario dovette farsi strada nei quattro regni della regione di Sarasaland per salvare la principessa e riportare la pace.
In questi anni l'idraulico italiano spopolò non soltanto nell'universo videoludico ma anche in quello dell'animazione: nel 1989 appare in The Super Mario Bros Super Show! - dove viene interpretato in alcuni segmenti live action dal wrestler Lou Albano - mentre l'anno dopo fu la volta The Adventures of Super Mario Bros 3, giunto anche nel nostro paese con il titolo "Le Avventure di Super Mario".
Tutto ciò senza dimenticare l'enorme successo in patria raggiunto con l'anime Peach-hime kyushutsu dai sakusen! e con i tre OAV Super Mario Amada. Furono anni di crescita esponenziale per il marchio Super Mario: un brand che è oggi simbolo di tutto ciò che i videogiochi rappresentano.