Juno ha a bordo un sistema di gestione dei dati che dispone di 256 megabyte di memoria flash - per conservare i dati anche in caso di interruzione di corrente - e 128 megabyte di memoria DRAM. I funzionari NASA hanno spiegato che quest'ultima è utile in situazioni in cui sono richieste soluzioni a basso costo e ad alta capacità.
Il computer single-board BAE Systems rad750 è progettato appositamente per gli ambienti ad alta radiazione. È una soluzione che è già stata usata molte volte nello Spazio, anche per altre missioni NASA come le sonde gemelle che volano attraverso le fasce di Van Allen, il Mars Reconnaissance Orbiter e il rover Curiosity su Marte.
Il processore è basato su un core PowerPC 750, anch'esso progettato per resistere ad alti livelli di radiazioni ionizzate; per questo viene impiegato sui satelliti artificiali e sulle sonde. La CPU è composta da 10,4 milioni di transistor CMOS, è prodotto con tecnologia da 250 nanometri e ha un clock di 133 o 166 MHz. Il die occupa 130 mm², il processore può elaborare fino a 300 MIPS ed è dotato di un'ampia cache di secondo livello.
La CPU può sopportare fino a 200.000 RAD (Radiation Absorbed Dose) e supporta temperature comprese tra -55 °C e 125 °C. La scheda standard RAD750 (CPU e scheda madre) supporta fino a 100.000 RAD con temperature tra i -55 °C e 70 °C e richiede 10 watt di potenza.
Un modulo RAD750 può costare più di 200.000 dollari statunitensi, dovuti per lo più alla protezione antiradiazione, al processo di produzione e al controllo di qualità che viene eseguito meticolosamente su ogni singolo componente.