Nel 1986 fa la sua prima comparsa uno degli avversari più terribili degli X-Men: Apocalisse. Egli è il primo mutante di cui si ha traccia, vive infatti sin dal tempo degli antichi egizi e incrocerà diverse volte gli allievi del Professor X, dando sempre loro filo da torcere.
Nel 1995 ha luogo quello che forse è il più grande degli eventi Marvel: l'Era di Apocalisse. Questa inizia quando Legione, un giovane mutante il cui vero nome è David Haller, decide di tornare indietro nel tempo e uccidere Magneto, in modo da favorire l'integrazione tra la sua razza e gli umani. Legione però torna indietro in un tempo in cui Il Signore dei Metalli è ancora grande amico di Xavier, che si sacrifica nel tentativo di salvarlo.
Haller torna quindi nel suo tempo e Magneto comincia a credere nel sogno del suo defunto amico, divenendo guida degli X-Men proprio quando Apocalisse decide di impadronirsi del mondo.Gli eventi de "L'era di Apocalisse" daranno vita a un'altra dimensione nel gigantesco universo Marvel. Probabilmente non tutti sanno che gli eventi dei fumetti della casa di New York si svolgono in un universo chiamato "Terra-616", mentre invece i film sono ambientati su "Terra-199999".
Ci sono decine di altri universi così, creati dagli autori della casa per le proprie storie. "L'era di Apocalisse" prende piede su "Terra-295" ed ogni testata della Marvel sarà ambientata in quella dimensione per i successivi quattro mesi.