La versione a pagamento di Spybot 2 offre alcune funzioni in più, quasi tutte raccolte sotto a "Professional Tools", cioè Strumenti Professionali. La versione Home, un passo in più rispetto a quella base e gratuita, permette di usare la linea di comando per assegnare parametri all'esecuzione del programma, nonché di programmare e automatizzare le attività. Spybot Professional può anche creare un CD di avvio con una copia di backup del sistema, nonché un ambiente protetto per procedere alle riparazioni.