Altri due strumenti che meritano una citazione sono la Navigazione Sincronizzata (Synchronized Browsing) e il Confronto Directory (Directory Comparison). Se il computer locale e il server hanno una struttura dei file simile, si può impostare Filezilla affinché ci faccia navigare in modo sincronizzato (View>Synchronized Browsing o Ctrl+Y), quindi se si sale di una cartella sul PC succederà lo stesso sul server, e viceversa. È una funzione molto comoda con i backup online delle proprie cartelle, per esempio.
Con il Confronto Directory (View>Directory Comparison o Ctrl+O) invece Filezilla può confrontare una cartella locale con una remota, evidenziando con diversi colori i file uguali e quelli diversi. Un'altra funzione molto comoda per gestire e caricare i contenuti.