Software
Per quanto mi riguarda uso Photoshop ma sul mercato esistono valide alternative sia commerciali, come MangaStudio, che opensource, come Gimp, myPaint o il promettente Krita. Sulla scelta del software c'è poco da dire. Questione di gusti personali. Ciascuno sceglie quello che preferisce.
Gimp
Photoshop è assolutamente sovradimensionato per il disegno dei fumetti, ma è uno standard di fatto. Si trova tantissima documentazione e how to in rete, nonché addon di varia natura. Certamente ha tantissime funzionalità inutili per un "mangaka" ma fa molto bene il suo lavoro.
MangaStudio invece è più concentrato sulle funzioni per il disegno: vanta strumenti per ora assenti in Photoshop come le linee di prospettiva, il poser 3d integrato e altro. E costa anche molto meno, il che non guasta. Gli artisti di solito sono conservatori e non cambiano software abitualmente. Il metodo di lavoro di solito consiste nell'impugnare lo stylus con una mano e digitare sulla tastiera con l'altra.
Krita
Ci si dimentica dei menù e si va, a memoria, di keyboard shortcut. Cambiare software vuol dire, ogni volta, ricominciare daccapo. La scelta del software condiziona anche la scelta del sistema operativo. I tools commerciali supportano Windows e Mac ma non Linux, mentre le versioni open source danno il loro meglio proprio nell'ambiente del pinguino.
Hardware
Quale motore mettere nel pc allora? Considerando Photoshop come software di riferimento, ed essendo quest'ultimo molto avido di risorse, direi che un bel intel i5 o equivalente (minimo) e una buona dose di RAM (8Gb minimo) siano la base da cui partire.
Nel mio metodo di lavoro uso molti livelli di Photoshop (sketch, pencils, inks, colors, lettering etc etc) e questo aumenta la richiesta di RAM. Da non trascurare la scheda grafica. Non è vero che se non fai 3D non ti serve una buona scheda.
myPaint
Photoshop, dalla versione CS4 in poi, ha introdotto alcune funzioni, come il "non destructive canvas rotation" o il supporto al "3d" che sfrutta le librerie OpenGL e l'accelerazione grafica 3D della scheda video. Personalmente uso un PC con scheda integrata Intel HD4000 e i risultati sono soddisfacenti.