Si è discusso molto delle varie scelte e delle novità introdotte. Molte critiche sono partite dalla doppia natura PC e console del gioco, motivo che ha reso dubbiosi molti che hanno meditato su alcune semplificazioni apportate rispetto al primo capitolo.
Un esempio è l'inventario: il suo utilizzo è stato decisamente semplificato e banalizzato. Non ci sono più i tanti quadrati con gli oggetti da incastrare tipo Tetris, ma oggetti che occupano, indipendentemente che sia un lanciarazzi o una lattina, semplicemente uno slot di quelli che avremo a disposizione.
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Un esempio della schermata per gli innesti biomod
Oltre le modifiche all'inventario, sono state apportate variazioni alle armi e alla durata della trama.
Ogni arma utilizzerà una sola "energia" e non ci saranno più né munizioni né tempi di attesa di ricarica tra un caricatore e l'altro.Questa è stata ovviamente un'altra scelta che ha fatto discutere.
Il primo Deus Ex durava la bellezza di 50 ore, rispetto alle 15 di Invisible War.
La cosa più importante è che entrambi i titoli permettono di risolvere i vari intrighi con approcci diversi e questo stile è rimasto fedele nel progetto degli sviluppatori.
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Questa è l'immagine di una mappa che, una volta ottenuta, avremo sempre a disposizione
Le mappe si estendono per zone piuttosto ampie; durante uno spostamento tra una zona e l'altra si verifica un continuo caricamento, che può essere considerato un difetto.