L'unica funzione di questo software è cercare sul disco file inutili, e la svolge piuttosto bene. Cerca tra i file temporanei, la cache di molti videogiochi, i cookie e persino programmi incompatibili con la versione di Windows in uso. System Ninja è un po' più lento rispetto ai concorrenti, e si perde alcuni voci di registro che altri eliminerebbero.