La frammentazione si verifica quando parti di uno stesso file sono parse in diversi punti del disco. Un file frammentato richiede più tempo per la lettura, perché la testina dell'hard disk deve muoversi di più per raggiungere tutti i dati. La frammentazione eccessiva si può prevenire eseguendo applicazioni di deframmentazione, che copiano tutte le parti di un file per riunirle in un blocco sulla superficie del disco rendendone l'accesso più veloce.
Per avviare lo strumento di deframmentazione integrato in Windows basta aprire Esplorare Risorse e cliccare con il tasto destro sul disco da riparare. Poi bisogna scegliere Proprietà->Strumenti, e cercare la voce Deframmenta. A questo punto si può decidere se fare una semplice analisi del disco, eseguire la deframmentazione vera e propria o programmarla (la scelta più consigliabile).