You must construct additional Pylons!
Cominciamo con i Protoss. A priori, sembra essere la razza meno modificata rispetto all'episodio precedente. La novità principale all'inizio del gioco è che il centro di comando dei Protoss, l'edificio Nexus, possiede un potere speciale che permette di aumentare la produzione delle unità del 50% e quella della ricerca del 100% per 30 secondi. Infatti, i Protoss fanno parte della razza che produce delle unità molto potenti e molto care. Tra le novità , ritroviamo una versione modificata del Dragone, ossia l'Immortal, capace di eseguire attacchi aerei e terrestri e difendersi tramite uno scudo ultra-energetico; lo Stalker, che dopo un upgrade del portale può teletrasportarsi su brevi distanze; il Colosso, immenso robot Protoss capace di scalare qualsiasi tipo di parete grazie alle sue zampe giganti. Si tratta di una macchina "di lusso" dato che per poterlo far mutare sono necessari un bel po' di soldi e un periodo di tempo non indifferente. Ma ne vale la pena poiché permette di accerchiare le difese all'ingresso di una base nemica per poterle distruggere.
Concludiamo il giro delle novità Protoss con le Navi Madre, veri e propri mostri aerei. Molto diverse da ciò che Blizzard aveva mostrato nei primi video, è possibile costruire una sola Nave Madre per ogni partita e risultano essere molto meno potenti di quanto era stato annunciato. Tuttavia, se il giocatore dovesse utilizzarla, sarà solamente un vantaggio. Tutte le unità e le navi alleate nel suo perimetro diventano invisibili, inoltre è possibile rallentare i nemici attaccandoli con una Time Bomb o creare un vortice che risucchia gruppi di unità attraverso il Buco Nero. Tuttavia, gli Zerg non potranno più scoprire le unità invisibili lanciando un'Overlord, ma sarà necessario passare al livello successivo per sbloccare questa abilità .