Tecnicamente si può fare?
Risposta breve: certo, tutto si può fare.

Apple ha senz'altro la possibilità di sviluppare un software ad hoc che soddisfi le richieste dell'FBI. Se questo software è firmato con la chiave privata della stessa Apple si può installare sul dispositivo specifico, e se contiene riferimenti ad esso si può ragionevolmente supporre che non funzionerà su nessun altro dispositivo.
Diversi esperti nelle ultime ore hanno sostenuto questa tesi (tra gli altri: Ars Technica, BGR, Mashable, TechCrunch).
Diversamente Apple non potrebbe, quasi certamente, violare o aggirare la crittografia per rendere i dati leggibili. E non è questo che l'FBI sta chiedendo. Infatti qui stiamo parlando di attaccare un elemento diverso dalla protezione crittografica vera e propria.
Detto questo, non possiamo dare per assolutamente certo che sia possibile creare un firmware simile che funzioni esclusivamente su un dispositivo e che non si possa replicare.