Il primo rischio è quello a cui abbiamo accennato nelle pagine precedenti: le radiazioni potrebbero mandare fuori uso le strumentazioni di bordo. Per scongiurare questo pericolo gli scienziati NASA hanno alloggiato le sue componenti elettroniche in una sorta di caveau di titanio: non resta che seguire il primo flyby per sapere se questo accorgimento sarà sufficiente per proteggerli.
C'è poi da aggiungere che il 4 luglio i motori di Juno si accenderanno per circa 35 minuti per rallentare la sonda in modo che possa entrare nell'orbita del sistema gioviano. Se la manovra non andasse come previsto Juno potrebbe essere catapultata oltre Giove.