Una volta che Spybot Search & Destroy è installato, all'apertura dovrebbe comparire il menù principale. Vi si trovano alcuni strumenti comuni, ma se si attiva la modalità avanzata (Advanced User Mode) se ne possono scoprire altri. Nella parte in fondo, invece, troviamo un set di strumenti professionali che, per la maggior parte, sono disponibili solo nella versione a pagamento di Spybot 2.