La modalità avanzata permette di regolare diverse impostazioni di Spybot. Si può decidere quanto verbosi devono essere i promemoria e gli avvisi, la lingua, l'integrazione con il sistema, e persino quali pericoli vadano ignorati per preservare la compatibilità con una o più applicazioni.
Le impostazioni predefinite sono un valido punto di partenza, ma ci sono diversi aspetti che si possono ritoccare per ottenere una protezione ottimale. Per esempio si può dire a Spybot dove finiscono i file scaricati dalla rete, e impostare per ognuno di essi un doppio controllo.