Spybot 2 ha anche diversi strumenti avanzati, interessanti per gli utenti più esperti, così come numerose voci di configurazione. La modalità avanzata si attiva dal menù principale, è dà accesso a strumenti come Startup Tools (per gestire i programmi all'avvio), uno scanner per cercare Rootkit, System Repair per correggere errori nel registro, e File Shredder, per eliminare definitivamente i file (comprende sovrascritture multiple per assicurarsi che i dati spariscano per sempre).