Prima del flyby, la presenza di quattro piccole lune nel sistema di Plutone hanno sollevato preoccupazioni circa i pericoli della presenza di detriti. Tuttavia lo strumento Venetia Burney Student Duct Counter (SDC) installato su New Horizons ha rilevato una sola particella di polvere durante i cinque giorni che hanno preceduto il flyby. Si tratta di una densità simile a quella di che si rileva nello spazio libero del Sistema Solare esterno, il che indica che la regione intorno a Plutone è priva di detriti.