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Nel 1895 e.c. i Geth, le macchine create dai Quarian come forza lavoro a basso costo, raggiungono l'autocoscienza. Per paura di rappresaglie i Quarian ne iniziano lo smantellamento, dando inizio al conflitto.
In un anno i Geth conquistano Rannhoc, il pianeta madre dei Quarian, e invadono le colonie. Comincia così il genocidio dei Quarian, che da miliardi di entità passano a qualche milione, quelli che riescono a fuggire a bordo delle proprie navi. Solo l'un percento della popolazione sopravvive.
Colpevoli di aver creato Intelligenze Artificiali pericolose, i Quarian perdono la loro ambasciata alla Cittadella, mentre gli individui sopravvissuti si uniscono nella Flotta Migrante. Le navi spaziali diventano la nuova casa dei Quarian.
I Geth si isolano e iniziano nel 1921 e.c. la costruzione di una una megastruttura in cui ospitare e gestire collettivamente le proprie menti, massimizzando la capacità di elaborazione.
40 anni più tardi Yuri Gagarin, a bordo del Vostok 1, diventa il primo umano a viaggiare nello spazio.