Forte di un successo sempre più grande, la serie prosegue con un sorprendente terzo episodio, uscito nel 1999 e ambientato parallelamente a Resident Evil 2. In una Raccoon City sempre più devastata dal virus, impersoneremo una Jill Valentine intenzionata a fuggire dal caos e dalla distruzione causate dall'Umbrella. Le cose non sono però semplici: il Governo americano è infatti intenzionato a spazzare via la città con il lancio di un missile, eliminando così il virus e come se non bastasse l'Umbrella ha creato Nemesis: un essere infetto incaricato di uccidere tutti i superstiti della squadra S.T.A.R.S.
Conosciuto in terra natia come Biohazard: Last Escape, proprio a voler segnare l'importanza di fuggire da una Raccoon City dominata dai non morti, Resident Evil 3: Nemesis è un'importante leva della serie, che per la seconda volta permette l'apparizione di un personaggio già noto nella serie e ripropone il suo scenario migliore: Raccoon City.
Ma la novità più grande è data da Nemesis, come suggerisce il titolo occidentale di questo terzo capitolo. Nemesis è forse il nemico più minaccioso e difficile da mandare al tappeto di tutta la saga, anche perché il gigantesco mostro armato di bazooka, vi starà alle costole per tutta la durata del gioco, inseguendovi letteralmente in ogni angolo della città.
Appena un anno dopo viene pubblicato Resident Evil Code: Veronica, il capitolo più lungo della saga ambientato tre mesi dopo gli eventi di Resident Evil 3, per la prima volta con degli scenari poligonali. In questo episodio vestiremo ancora una volta i panni di Claire Redfield, impegnata nella ricerca del fratello Chris. I due fratelli incroceranno durante il loro cammino una vecchia conoscenza: Albert Wesker, ritenuto morto alla fine del primo capitolo. Inoltre si scoprirà che i piani dell'Umbrella Corporation, non sono limitati alla sola Raccoon City, ma con orizzonti molto più ampi e dagli esiti catastrofici.
Questo capitolo è ricordato da tutti i fan e gli addetti del settore per aver traghettato la saga nell'era dei 128 bit, essendo in origine un'esclusiva per l'ultima console Sega, cioè "la macchina dei sogni": il Dreamcast.
Con la dipartita del Dreamcast, Capcom decise di riproporre la vecchia esclusiva anche per Playstation 2, ribattezzando il titolo Resident Evil Code: Veronica X.