Juno utilizza un approccio ridondante per la propulsione mirato a ottenere la massima efficienza con il minor peso e consumo. Il sistema di propulsione principale è bi-propellente (idrazina come combustibile e tetraossido di azoto come ossidante) mentre il Reaction Control System è monopropellente.
I serbatoi di propellente sono di forma sferica, circondati da un materiale isolante e da un sistema di riscaldamento per portare i propellenti fino alle temperature nominali prima della combustione, e per assicurarsi che non congelino nell'ambiente spaziale.
Il motore principale è un Leros 1b, progettato e costruito da Moog-ISP. Fornisce 645 Newton di spinta e un impulso specifico di 318 sec. Sarà lui ad accendersi per 35 minuti il 4 luglio e guidare la sonda Juno nell'orbita ellittica attorno a Giove. La conferma dell'avvenuta accensione arriverà intorno alle 23:53 EDT del 4 luglio, ossia le 05:53 di mattina del 5 luglio in Italia. Una protezione contro micrometeoroidi e detriti protegge il motore quando non è in uso. Viene abbassata prima dell'accensione e viene rimesso in posizione al termine delle manovre per evitare danni.
Anche questo è un componente rodato: finora hanno volato nello Spazio più di 70 motori di Leros a bordo di molti satelliti per le comunicazioni.
Per controllare l'orientamento nello Spazio e compiere piccole correzioni di traiettoria Juno fa uso invece di 12 propulsori a reazione del Reaction Control System, alimentati a idrazina. Sono installati su quattro moduli di motori e permettono il controllo del veicolo a tre assi.