Il sistema di comunicazione di Juno funziona sia come strumento scientifico sia di comunicazione. La High Gain Antenna installata sulla sonda supporta le comunicazioni in banda X con la Terra per l'uplink e il trasferimento dei dati scientifici, e il downlink della la telemetria.
Juno può anche inviare segnali di 10 secondi a bassa larghezza di banda, che codificano lo stato del veicolo e consentono agli ingegneri a Terra di seguire i progressi del veicolo senza bisogno di un collegamento diretto di telemetria. Durante l'inserimento nell'orbita di Giove questi "toni" costituiranno l'unica possibilità di comunicazione con la Terra perché la HGA in quel punto non sarà puntata verso la Terra.