All'inizio degli anni 2000 Nintendo realizzò tre nuove versioni del Game Boy.
Game Boy Advance (2001). Più potente di un Super Nintendo, il Game Boy Advance aveva un grande schermo al centro, circondato da pulsanti su ogni lato, in modo simile a un controller tradizionale. Il sistema contava su una libreria di giochi impressionante, ma per usarlo bisognava avere condizioni di luce ambientale pressoché perfette. La sua forma non convenzionale lo rendeva difficile da portare in giro senza graffiare il sensibile schermo a cristalli liquidi.
Game Boy Advance SP (2003). Oltre a essere più piccolo e leggero del suo predecessore, l'SP (che sta per "speciale") aveva uno schermo retroilluminato e un design richiudibile a conchiglia, perfetto per infilarlo in una tasca o in una borsa.
Game Boy Micro (2005). Nonostante Nintendo avesse virato sul DS, nel 2005 distribuì lo stesso una nuova versione del Game Boy. Questo piccolo dispositivo integrava uno schermo più piccolo del suo predecessore e un design che abbandonava lo stile a conchiglia. Insomma, ha rappresentato il prodotto portatile più minuto che Nintendo abbia mai realizzato.