Un giorno senza fine
Nel gioco impersoniamo Chrono, un 17enne che vive nel regno di Gardia, dove si sta per celebrare il millesimo compleanno del regno, con una grande festa. Sarà anche l'occasione per la vostra amica Lucca di presentare la sua ultima invenzione, una macchina del tempo. Quando la giovane Marle, che porta un ciondolo magico, prova la macchina, viene proiettata nel '600, e la situazione si fa caotica. Chrono e Trigger seguono l'amica, per scoprire che ha modificato il corso degli eventi passati, evitando il rapimento di un suo antenato, e creando un paradosso spazio temporale, che l'ha cancellata dall'esistenza.
A questo punto Chrono, utilizzando la macchina del tempo, inizia ad esplorare numerose epoche storiche, nel tentativo di ristabilire il continuum spazio-temporale interrotto dalle azioni di Marle.
Facendo su e giù dalla preistoria ad un futuro post-apocalisse, Chrono scoprirà che il medaglione di Marle è legato ad una terribile minaccia che grava sul mondo. Dovrà viaggiare attraverso sette epoche diverse, e avere a che fare con molti personaggi, dalle caratteristiche molte ben delineate, tra i quali un cavaliere trasformato in ranocchio, un robot guardiano, una donna preistorica ed uno stregone. Ogni personaggio ha alle sue spalle una complessa storia, apparentemente slegata dal resto della vicenda, ma che in realtà si interseca con quella degli altri personaggi.