Con l'obiettivo di raffreddare maggiormente i componenti principali, come la CPU, scheda grafica e chipset, le specifiche BTX prevedono l'utilizzo di un "modulo termico". Questo è composto da un dissipatore e un canale per l'indirizzamento del flusso d'aria e l'espulsione dalla parte posteriore.
Siccome tutti i componenti principali sono posizionati in maniera tale da beneficiare di questo "modulo termico", le ventole delle schede video e del northbridge, in futuro potrebbero essere eliminate. Le specifiche BTX menzionano due misure per i moduli termici; la più piccola è indicata per i sistemi MicroBTX.
In base al formato BTX, sarà utilizzato il modulo termico I o II. Questi differiscono in altezza di circa 2.5 cm.