Vivisezionare i prototipi
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Il TEM esamina il prototipo del disco, ma ogni pezzo per l'analisi deve essere tagliato da uno strumento chiamato FIB o Focused Ion Beam. Il FIB prende il disco e rimuove un pezzo molto piccolo e sottile dalla parte posteriore - così sottile che 1000 pezzi dovrebbero essere spessi come un capello umano. Il sample viene posto su una griglia specializzata e questa viene introdotta nel TEM. Un fascio di elettroni viene sparato e trasferito attraverso il sample. Ci sono due modi per orientare un sample in relazione al flusso di elettroni.