Il Blue Gene/L fu il supercomputer più veloce per altri due anni. Anche se nessun altro sistema poteva batterlo per prestazioni, gli altri supercomputer si avvicinarono e superarono i 100 TFlops. Negli giugno 2007, sia il Jaguar (No. 2) che il Re Storm (No. 3) raggiunsero questo traguardo. Il Jaguar, che è stato costantemente aggiornato dal 2005, era basato su server Cray XT3 e XT4. Segnava l'ingresso di AMD nella parte alta della classifica, in quanto questi sistemi usavano processori Opteron dual-core a 2.6 GHz. In totale Jaguar aveva 23.016 core e raggiungeva 101,7 TFlops in LINPACK.