Nel 1999 Intel aggiornò l'ASCI Red rimpiazzando i vecchi processori Pentium Pro con le CPU Pentium II OverDrive, che usavano l'interfaccia Socket 8. Oltre a un'architettura rifinita e una frequenza di clock maggiore – dai 200 MHz del Pentium Pro ai 333 MHz del Pentium II Overdrive, Intel colse l'opportunità per incrementare il numero di CPU da 9152 a 9472. Questi miglioramenti aumentarono la potenza teorica di calcolo dell'ASCI Red di 1,7 volte, arrivando a superare i 3,1 TFlops, ma in pratica il sistema era in grado di raggiungere solamente il 58% della sua prestazione teorica, raggiungendo 2,121 TFlops.